Cara berpikir dan kemampuan analisa Sukendro di atas rata-rata perwira lainnya.
Karena itu saat Nasution menjadi KSAD, ia menarik Sukendro sebagai Asintel I KSAD. Nyatanya, Sukendro tak mengecewakan.
Pada 1957, saat perwira-perwira daerah resah dengan kebijakan Jakarta dan berniat menuntut opsi otonomi, Sukendro – tentunya atas perintah Nasution – menggelar operasi intelijen.
• Kekejaman PKI, Jika Saja Tokoh PKI Bertindak Lebih Cepat, Nasib Yogyakarta Mungkin Akan Seperti Ini
• Kisah Kolonel Latief Dapat Bocoran G30S PKI Akan Membunuh Para Jenderal TNI, tapi Diabaikan Soeharto
Orang-orangnya masuk ke daerah dan menginfiltrasi pola pikir para perwira di daerah.
Hasilnya, saat suasana memuncak, praktis hanya komandan di Sumatra (PRRI) dan Sulut (Permesta) yang menyatakan diri berpisah dari Indonesia.
Lainnya, menarik dukungannya dan tetap dalam kibaran Merah Putih.
Tak hanya dalam lingkup nasional saja kiprah Sukendro. Seiring dengan tugas belajar yang diperolehnya di Amerika Serikat (AS), ia juga sukses menjalin kontak dengan CIA.
Beberapa program kerjasama TNI dan CIA, mampir lewat tangannya.
Sampai-sampai ada anggapan pada masa itu, sosok Sukendro-lah temali utama yang menghubung Nasution dan juga Achmad Yani dengan CIA.
Bahkan dalam salah satu versi skenario Gestok, karena kecerdasan dan lobi baiknya dengan CIA, Sukendro disebut-sebut sebagai salah satu orang yang layak dicurigai sebagai dalang, seperti disebut dalam buku Menguak Misteri Kekuasaan Soeharto karangan FX. Baskara Tulus Wardaya.
Grup Dewan Jenderal
Jika di satu sisi dianggap sebagai dalang, sisi lain apa yang membuat Sukendro masuk dalam daftar bidikan PKI?
Sukendro termasuk sosok penting di tubuh militer. Namanya masuk dalam grup jenderal elite yang dekat dengan Nasution maupun Yani.
Belakangan grup ini dikenal sebagai Dewan Jenderal. Anggotanya 25 orang, namun empat motornya adalah Mayjen S Parman, Mayjen MT Haryono, Brigjen Sutoyo Siswomihardjo dan Brigjen Sukendro.
Grup ini aktif melakukan counter politik untuk menandingi dominasi PKI. Nah, pokal Sukendro ini tentu saja membuat PKI geram.