Di kalangan NU ia dikenal sebagai seorang ulama yang punya peran besar dalam memajukan badan otonom NU Jam’iyyatul Qurra wal Huffaz Nahdlatul Ulama (JQHNU) yang merupakan wadah berkumpulnya para huffaz dan pengkaji Alquran.
Pada masa kepemimpinan KH Hasyim Muzadi, ia dipercaya untuk memimpin JQHNU. Muhaimin didaulat sebagai Ketua Umum JQHNU sejak 2022-2018.
Muhaimin juga mengemban sejumlah jabatan lainnya seperti, anggota Dewan Hakim bidang Hifzhil Qur’an pada MTQ Nasional, anggota Lajnah Pentashih Mushaf Al-Qur’an Kemenag pusat, dan dosen di beberapa kampus Al-Qur’an terkemuka di Indonesia seperti IIQ, PTIQ, hingga UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. (Serambinews.com)