Kemudian, ia menjadi salah satu pendiri Partai Gerakan Aceh Mandiri (Partai GAM), yang kemudian berganti nama menjadi Partai Aceh.

Karir

• Panglima Gerakan Aceh Merdeka (2002 - 2005)
• Ketua Komite Peralihan Aceh (KPA) (2005 - 2016)
• Ketua Umum Partai Aceh (PA) (2007 - 2016)
• Ketua Dewan Penasihat DPD Partai Gerindra Aceh (2013 - 2016)
• Anggota Pasukan Gerakan Aceh Merdeka (1986 - 2005)
• Panglima Gerakan Aceh Merdeka wilayah Pase (1998 - 2002)
• Wakil Panglima Gerakan Aceh Merdeka (1998 - 2002)
• Wakil Gubernur Aceh Wakil Gubernur Aceh (2012 - 2016)

Pendidikan

• SDN Seuneudon Kabupaten Aceh Utara
• SMP Negeri Idi Kabupaten Aceh Timur
• SMA Negeri Panton Labu Kabupaten Aceh Utara 

Harta Kekayaan

Melansir dari laman LHKPN, berikut ini harta kekayaan Muzakir Manaf

DATA HARTA

A. TANAH DAN BANGUNAN Rp. 44.031.300.000

1. Tanah Seluas 1227 m2 di KAB / KOTA LHOKSEUMAWE , HASIL SENDIRI Rp. 858.900.000

2. Tanah dan Bangunan Seluas 76 m2/64 m2 di KAB / KOTA KOTA BANDA ACEH , HASIL SENDIRI Rp. 38.000.000

3. Tanah Seluas 7157 m2 di KAB / KOTA ACEH UTARA, HASIL SENDIRI Rp. 3.578.500.000

4. Tanah dan Bangunan Seluas 100 m2/80 m2 di KAB / KOTA PIDIE,HASIL SENDIRI Rp. 40.000.000

5. Tanah dan Bangunan Seluas 69 m2/64 m2 di KAB / KOTA KOTA BANDA ACEH , HASIL SENDIRI Rp. 34.500.000

6. Tanah Seluas 120000 m2 di KAB / KOTA ACEH UTARA, HASIL SENDIRI Rp. 480.000.000

7. Tanah Seluas 25000 m2 di KAB / KOTA ACEH UTARA, WARISAN Rp. 500.000.000

8. Tanah dan Bangunan Seluas 78 m2/84.9 m2 di KAB / KOTA KOTA BANDA ACEH , HASIL SENDIRI Rp. 550.000.000