Gus Dur adalah pembela minoritas paripurna! Aceh saat itu termasuk minoritas dalam kedudukan nasional, baik akibat eksploitasi sumber daya alamnya dan juga operasi militer yang menambah duka kemanusiaan. Penegerian Unimal jelas terkait sebagai langkah rekonsiliasi dan perdamaian Aceh yang saat itu remuk redam oleh konflik.
Ada puluhan kelompok masyarakat yang diterima Gus Dur berkali-kali di Jakarta. Salah satu proposalnya adalah menambah kampus negeri di Provinsi Aceh, selain di ibu kota provinsi. Pilihan itu akhirnya jatuh kepada Universitas Malikussaleh yang berada tepat di jantung konflik.

Pilihan itu tepat dan menjadi kebenaran sejarah (moment of truth). Penegerian Unimal akhirnya menjadi oase yang ikut mendinginkan konflik, dan pelan-pelan menjadi langkah menuju perdamaian Aceh yang hakiki. Puncaknya adalah Perjanjian Damai Helsinki, 15 Agustus 2005. Pada hari terakhir pemerintahan Gus Dur, beliau masih memerintahkan Pak Mahfud MD untuk menyerahkan SK penegerian Universitas Trunojoyo ke Madura, 23 Juli 2001.

Padahal istana saat itu sedang dikepung oleh kelompok yang meminta sang presiden kyai dan pelopor demokrasi itu dimakzulkan. SK Unimal memang tidak dikeluarkan oleh Presiden KH Abdurrahman Wahid, tapi oleh Ibu Megawati Soekarnoputri sebagai penggantinya pada 1 Agustus 2001. Namun kita tahu dengan keyakinan yang kuat, siapa di belakang ide penegerian Unimal saat itu. Langkah itu yang membuat Unimal bisa meusyuhu ban sigom donya seperti saat ini.

Akhirul kalam, selamat Dies Natalis Unimal ke-54. Momen sejarah telah tertulis, langkah maju telah dimulai, kini sejarah unggul sedang dinanti.